Как выразились матёрые сеошники мира, гугл в панели веб-мастера показывает не самые актуальные изменения в бэклинках.
Представители Гугла объясняют это неверной позицией веб-мастеров, в гугл-панели отображаются не все ссылки, а только релевантные, так как только такие бэклинки влияют на поисковую выдачу serp.
Иначе говоря, поисковик просто показывает, что на ваш сайт кое-кто ссылается сейчас или ссылался в прошлом. Не более того...