Представитель компании Google Джон Мюллер заявил, что поисковому роботу не принципиально, как сконструирована карта Вашего сайта.
Безусловно карта сайта помогает работу более быстро и качественно проиндексировать сайт, но если на сайте тысячи страниц, то их сложно разбить по категориям и подкатегориям, сотрудники Гугл прекрасно это понимают и поэтому робот настроен так, что бы индексировать сайты не зависимо от структуры Sitemap.